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细胞破壁方法的很多种，常规的有高压匀浆法、超声破碎法、酶溶法等，这些破壁的方法各有优缺点，下面简单介绍一下：
一、高压匀浆法
设备是高压匀浆器，它由高压泵和匀浆间组成，美国Microfluidics公司和ATS公司均有产品出售。其破碎机理：细胞在一系列过程中经历了高速造成的剪刀，碰撞以及由高压到常压的变化从而造成细胞的破碎。
存在的问题；较易造成堵塞的团状或丝状真菌，较小的革兰氏阳性首以及有些亚细胞器，质地坚硬，易损伤匀浆阀，也不适合用该法处理。
二、超声破碎
频高于15-20KHz的超声波在高强度声能输入下可以进行细胞破碎。其破碎机理：可能与空化现象引起的冲击波和剪切力有关。超声破碎的效率与声频、声能、处理时间、细胞浓度及首种类型等因素有关。
存在问题；超声波破碎在实验室规模应用较普遍，处理少量样品时操作简便，液量损失少，但是超声波产生的化学自由基团能使某些敏感性活性物质变性失活。而且大容量装置声能传递，散热均有困难。
三、酶溶法
就是用生物酶将细胞壁和细胞腊消化溶解的方法。常用的溶酶有溶菌酶β-1．3-葡聚糖酶、蛋白酶等。
存在的问题；易造成产物抑制作用，这可能是导致胞内物质释放率低的一个重要因素。而且溶酶价格高，限制了大规模利用。若回收溶酶，则又增加百分离纯化溶酶的操作。另外酶港法通用性差，不同菌种需选择不同的酶。
如果采用IKN细胞破壁均质机来破碎，植物细胞的破壁率将大大提高。采用IKN细胞破壁均质机可将海藻植物细胞破壁的破壁率提高到95%以上。而且生产效率非常高，操作简单。
IKN细胞破壁均质机的结构：细胞破壁均质机是由胶体磨+均质机的组合而成的高科技产品。可以先将植物物料先研磨，研磨细化后再通过分散头，进行分散，这样可以避免细胞细化后抱团现象，从而提高细胞的破壁率。
级由具有精细度递升的三级锯齿突起和凹槽。定子可以无限制的被调整到所需要的与转子之间的距离。在增强的流体湍流下，凹槽在每级都可以改变方向。（齿列的深度:从开始的2.7mm，到末端的0.7mm）
第二级由转定子组成。分散头的设计也很好地满足不同粘度的物质以及颗粒粒径的需要。
细胞破壁均质机的特点
① 线速度很高，剪切间隙非常小，当物料经过的时候，形成的摩擦力就比较剧烈，结果就是通常所说的湿磨
② 定转子被制成圆椎形，具有精细度递升的三级锯齿突起和凹槽。
③ 定子可以无限制的被调整到所需要的与转子之间的距离
④ 在增强的流体湍流下，凹槽在每级都可以改变方向。
⑤ 高质量的表面抛光和结构材料，可以满足不同行业的多种要求。